他平素提倡民权思想所致，在此情况下，蔡元培只能愤然辞职。
随后他将一部分退学的学生组织起来，征得中国教育会同人的赞同和支持后，募集款项，聘用义务教员，创办起了爱国学社。
他被推举为学社的总理，也就是校长，该学于1903年初正式开学。
爱国学校的成立，是蔡元培为新教育奔波多年之后，相对独立创办起来的一个教学实体。在这里，他总算可以自主的贯彻自己的教育救国主张了。
而随着一批反清志士的加入和客观形势的推动，蔡元培这位儒者也就开始了革命的生涯。
20世纪初的上海。作为中国近代发展最快的通都大邑，常能独得风气之先。十里洋场本就鱼龙混杂，信息灵便。戊戌变法失败后，国内很多仁人志士聚集于此各展宏图。海外反清力量于庚子事变之后气势也越来越强盛，凭借沪上的租界，联络同志，开展活动。
这一时期，忧国的中国精英分子们纷纷走上了暴力推翻满清政权的道路，革命成为风尚。
这些志士们都以为，非颠覆满清政权不能从根本上解决中国的问题。其时，在世界范围内，民族主义、无政府主义的暗杀活动正风靡全球，这同样也被当时中国的热血青年奉为最时髦、最便捷、最有希望推翻一个破落王朝的不二之法。
当时中国的革命党人，在日本的留学生如徐锡麟、秋瑾、汪精卫、任鸿隽、鲁迅等都曾纷纷投身到这股激流飞溅的大潮之中。
这时的蔡元培，英雄豪情丝毫不输于这些革命家们。但是，他比这些年轻人多了一份成熟和周详。
蔡元培主持的爱国学社，其活动主要集中于1903年的上半年。
爱国学社有意仿效日本西乡隆盛等人当年的办学宗旨：“重在精神教育”。以灌输民主主义思想为自己的主要任务。
蔡元培主讲伦理学，在讲课中大力提倡民权、女权，公言革命无所忌。
他把返乡闭门著书的章太炎请来教国文。
章太炎在作文课上命学生们各作本人的《本纪》一篇。本纪是中国正史中专门记载帝王生平和国家大事的一种体裁，章太炎让学生们自书《本纪》，以示对封建君主专制的蔑视。有的学生在《本纪》中述及自己由保皇到革命的思想转变过程，章太炎便用自己摆脱束缚的体验来鼓励他们。
吴稚晖授课时则用严复译的《天演论》作为课本。
学社最富特色之处是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和自由。住宿生实行自治制，设有评议会，监督学校行政和学生操行。
有的高年级学生还充当寻常班的教师，更促成了一种平等地氛围。学生们经常同教师一起外出参加政治活动，学社在教育上的创举和活跃的政治风气，吸引了许多青年前来
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